疾病系统遗传研究院（Institutes for Systems Genetics）在四川大学华西医院的支持下成立，主要探索疾病发生、发展的分子遗传与关键分子网络问题。研究院建有疾病基因和基因组演化研究室、转化医学信息学研究室和疾病蛋白组与代谢组研究室三大研究平台。团队结合平台优势，通过以研究复杂疾病的系统遗传与分子网络标记物为导向，建立系统的理论、数据库、模型和软件工具，进一步探索疾病的分子机制和基因网络、人类疾病的分子遗传机制演化以及个性化的医疗与健康管理。研究方向主要包括研究生命与人类演化的重大分子遗传机制、人类重大疾病发生发展关键基因和基因组变异、人类疾病的分子遗传基础及其演化过程、卫生健康的遗传-环境相互作用群体与分子机制，涵盖了系统遗传学、分子诊断设计、表观遗传学和生物医学信息学等，正在开展“人类遗传分子网络图谱构建及临床应用”、“跨组学复杂疾病深度表型与网络标志物理论模型构建”等重大课题研究。